大體上的分類：
由於電腦系統不斷的演進與程式語言存在型態的改變，目前對電腦病毒（Virus）的定義已經更為廣義，稱為惡性程式或惡意程式（Malicious Code），意即只要是出於非善意的對電腦使用者產生惡性影響或干擾者。以現今的惡性程式型態大概可以分為三類：傳統的電腦病毒、特洛依木馬程式以及電腦蠕蟲，要特別注意的是，三種型態不一定是獨立存在的，也有可能以兩種型態出現。
傳統的電腦病毒：
從1987年第一隻病毒被發現寄生於DOS應用程式裡，在1993年Windows 16位元程式，1995年新的Windows 32位元程式也接連都淪陷了；這是病毒最基本的型態，不獨立存在而寄生於應用程式之中，程式執行中大多看似正常，但病毒就在此時默默地進行感染與破壞，所以才會被稱為「電腦病毒」。
一般來說，它的過程是：
某一應用程式檔受病毒感染
伺機散佈到其他正常的執行檔案
等待發作時機
發作進行破壞
但從1995年起，方便好用的巨集也成為病毒染指的地方了，過去只有應用程式會中毒的觀念被扭轉過來，因為連 Word 文件檔都會中毒，甚至 Excel、Access 也先後難逃毒手。
最後，以純文字型態存在的 Script 語言當然也難逃一死，反正所有可以執行指令的檔案都可能成為病毒的宿主，甚至在 Script 的幫助下，病毒要獨立生存也不是問題了，反正你根本不知道他已經在運作了﹍﹍﹍
特洛伊木馬程式：
特洛伊木馬程式本身不像傳統病毒會感染其他檔案，也不會主動傳播自己到網路上的其他電腦，而必須透過一些手段把特洛依程式放到使用者的電腦中。最早它以遊戲或有用的小工具做偽裝，讓使者從網路上下載到自己的電腦並且執行，所以被稱為特洛依木馬程式。
然而發展至今，不需透過使用者下載，也可以經由作業系統的漏洞，由駭客直接入侵主機將特洛依程式「種」到使用者的電腦中（這一部份也可由蠕蟲程式去執行），而且變更使用者的設定，讓該程式啟動。
此類的程式破壞力強大，因為對使用者的系統而言，它無法分辨 Word 這類應用程式與特洛依程式的差別，所以對這些未授權的指令也一一執行。嚴重的的影響可以竊取資料（例如 Backdoor 程式）或是進行大規模的『阻斷服務Denial of service攻擊行動』（例如Code Red）。
電腦蠕蟲：
雖然早在1990年時期就已經有I-Worm (Internet Worm) 的概念，但是因為缺乏網路環境的配合，以致於I-Worm一直處於潛伏狀態。直到西元2000年企業內部網路LAN及Intranet的成熟、網際網路Internet及E-Mail的標準化，『電腦蠕蟲』在天時、地利、人和的機會下大舉入侵。
除了駭客的入侵外，傳統電腦病毒的感染算是被動性的，只要你不隨意開啟檔案、不隨意使用軟碟開機、嚴重一點不要上網不要收信，幾乎是沒有中毒的可能。但就像巨集讓 文件檔中毒一樣，網路蠕蟲也打破了這個定律，只要你的網路系統存有漏洞，電腦蠕蟲便可以爬進你的電腦，把惡性程式放到你家裡去！
電腦系統有哪些地方可以讓這些電腦蠕蟲到處爬呢？比如：網路上的芳鄰、電子郵件、IIS的系統漏洞等等。
相互的結合
現實的狀況，許多病毒同時存在以上所述的三種特性，以加快散播的速度或影響。例如會主動在企業內部網路爬行的 FUNLOVE、透過電子郵件散佈自己的 MELISSA 及 SIRCAM 、透過IIS或網芳的 Nimda 均是典型的『電腦蠕蟲』結合『電腦病毒』或『特洛伊木馬程式』例子。
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